Naturalne progi wyborcze, w przeciwieństwie do progów ustawowych, nie wynikają wprost z zapisu prawnego. Przez próg naturalny rozumie się takie poparcie ugrupowania politycznego (listy wyborczej lub kandydata) w okręgu, którego przekroczenie zapewnia określone prawdopodobieństwo uzyskania mandatu lub wskazanej liczby mandatów. Najczęściej odnosi się je do uzyskania przynajmniej jednego mandatu w okręgu. Wyróżniamy 3 podstawowe rodzaje progów naturalnych:

• Próg włączenia: informujący o tym, jakie poparcie musi przekroczyć lista (kandydat) w okręgu aby szansa na mandat była wyższa niż 0%.
• Próg wyłączenia: informujący o tym, jakie poparcie musi przekroczyć lista (kandydat) w okręgu aby mieć pewność uzyskania mandatu (prawdopodobieństwo 100%).
• Próg rzeczywisty: informujący o tym, jakie poparcie musi przekroczyć lista (kandydat) w okręgu aby szansa uzyskania mandatu była wyższa niż prawdopodobieństwo jego nie uzyskania (czyli szansa na mandat wyższa niż 50%).

Wysokość progu naturalnego jest zależna od kilku elementów:

• Liczby mandatów, dla uzyskania których poszukiwany jest dany próg (najczęściej 1).
• Stosowanej metody wyborczej.
• Liczby zgłoszonych list (kandydatów) w okręgu.
• Liczby głosów, którymi dysponuje wyborca (i ewentualnej możliwości ich kumulowania).
  

Wartość progu włączenia informuje, jaki odsetek głosów musi przekroczyć lista wyborcza (lub kandydat) w okręgu aby mieć przynajmniej minimalną szansę na uzyskanie mandatu. Zgodnie z tym rozumowaniem, uzyskanie przez listę (kandydata) choćby jednego głosu mniej uniemożliwia uzyskanie mandatu nawet przy najlepszym możliwym rozkładzie pozostałych głosów.

Najczęściej jest obliczany dla uzyskania pierwszego mandatu w okręgu. Wartości progu włączenia dla różnych metod wyborczych zostały przedstawione w tabeli. Jako S oznaczono liczbę mandatów w okręgu, natomiast jako L liczbę zgłoszonych list (a w przypadku formuł większościowych – kandydatów). Co istotne, w przypadku większości wskazanych metod (poza glosowaniem blokowym i systemem limited vote) wyborca posiada jeden głos. W przypadku głosowania blokowego – tyle głosów ile mandatów zostało przeznaczonych do podziału w okręgu, a w przypadku systemu limited vote – liczba głosów jest większa niż 1 ale mniejsza od liczby mandatów w okręgu. W żadnym z tych systemów wyborca nie może kumulować swoich głosów (np., posiadając 3 głosy oddać je wszystkie na tego samego kandydata).